Vlakna igraju ključnu ulogu u održavanju zdrave crijevne mikroflore. Oni služe kao hrana za korisne bakterije u crijevima, što pomaže ravnoteži mikroorganizama i sprječava prekomjerni rast štetnih bakterija. Ova ravnoteža je važna jer izravno utječe na probavu, apsorpciju hranjivih tvari i opće zdravlje. Nedostatak vlakana može dovesti do probavnih smetnji, zatvora i povećanog rizika od upalnih bolesti crijeva.
Topiva vlakna stimuliraju proizvodnju kratkolančanih masnih kiselina koje smiruju crijevnu sluznicu i pomažu u održavanju zdravog okoliša za bakterije. Netopiva vlakna, pak, povećavaju volumen stolice i ubrzavaju prolazak hrane kroz crijeva, smanjujući vrijeme kontakta s potencijalnim toksinima. Kombinacija ove dvije vrste vlakana doprinosi učinkovitoj probavi i smanjenju rizika od poremećaja poput divertikulitisa ili hemoroida.
Redoviti unos vlakana također može pozitivno utjecati na imunološki sustav jer zdrava mikroflora ima zaštitnu ulogu. Osobe koje konzumiraju dovoljnu količinu vlakana imaju stabilniji probavni ritam, manju učestalost nadutosti i osjećaj lakšeg, ugodnijeg probavljanja hrane. Time vlakna ne samo da poboljšavaju funkciju crijeva, nego i doprinose općoj kvaliteti života.